- Peraturan karantina. Penerapan peraturan karantina yang ketat dapat mencegah masuknya lalat buah dari wilayah atau negara yang diketahui mempunyai masalah dengan lalat buah
- Pengrodongan/pembungkusan buah. Cara ini kurang praktis untuk areal tanaman yang sangat luas serta untuk tanaman cukup tinggi dan sulit dijangkau. Keuntungannya, buah terhindar dari serangan lalat buah tanpa paparan residu bahan kimia
- Pengasapan. Dilakukan dengan cara membakar seresah/jerami setengah basah sehingga dihasilkan asap yang cukup banyak dan tahan lama.
Sanitasi kebun
Sanitasi dilakukan untuk memutus dan negganggu daur hidup lalat buah, sehingga perkembangan lalat buah dapat ditekan. Sanitasi kebun dilakukan dengan cara mengumpulkan buah-buah terserang, baik yang sudah jatuh ke tanah maupun yang masih berada dipohon, kemudian dimusnahkan dengan cara dibakar atau dibenamkan dalam tanah. Eradikasi. Cara eradikasiyang telah dilakukan anatara lain dengan pelepasan jutaan serangga lalat jantan yang sudah dimandulkan (sterile insect technique),
Penggunaan Tanaman Perangkap
Penelitian mengenai preferensi lalat buah terhadap tanaman buah dan sayuran, ternyata yang paling disukai untuk dirusak oleh lalat buah berturut-turut sebagai berikut: jambu air, belimbing, mangga, jambu biji, dan lomlok besar, tanaman yang digunakan sebgai tanaman yang lebih rendah dapat digunakan sebagai tanaman perangkap, misalnya bila mengutamakan budidaya tanaman mangga maka disekeliling kebunmangga dapat ditanami jambu air atau belimbing
Pengendalian dan Penekanan populasi lalat buah
- menggunakan musuh alami lalat buah (natural enemy) salah satunyaprasitoid dan predator. Penggunaan musuh alami lalat buah yang berupa parasitoid dan sudah teridentifikasi adalahBiosteres sp dan Opius sp yang merupakan parasitoid dari famili Braconidae. Dan musuh alami berupa predator yang umum adalah semut / lebah (Hymenoptera), laba-laba (Arachnida), kumbang tanah carabid dan staphylinid (coleoptera), cocoped (Dermaptera), sayap jala chrysopid (ordo Neuroptera) dan kepik penratomid (hemiptera)
- mengunakan umpan yang mempunyai data tarik (Atraktan). Umpan ini biasanya bersifat sebagai sex feromon berupa senyawa methyl Eugenol. Bisa juga dengan menggunakan lalat jantan mandul, dengan memandulkan pupa-pupa lalat buah jantan menggunakan sinar gama. Selain itu juga dengan memberi umpan lain “food attractant” berupa campuran senyawa sintesa protein yang terdiri 18 asam amino, dicampur dengan killing agent.
Perlakuan pasca panen
Perlakuan pasca panen yang bisa dilakukan terhadap buah-buahan antara lain dengan fumigasi. Caranya buah-buah yang sudah disortir dan dibersihkan dimasukkan ke tempat yang tertutup dan kemudia dilakukan fumigasi dengan alumunium fosfid berupa tablet yang dapat menguap, atau dengan cara mengalirkan uap/udara panas (heat treatment), bisa juga dilakukan perendeman dan penyemprotan dengan bahan kimia.