a) CVPD
Penyebab: Bacterium like organism dengan vektor kutu loncat Diaphorina citri. Bagian yang diserang: silinder pusat (phloem) batang. Gejala: daun sempit, kecil, lancip, buah kecil, asam, biji rusak dan pangkal buah oranye. Pengendalian: gunakan tanaman sehat dan bebas CVPD. Selain itu penempatan lokasi kebun minimal 5 km dari kebun jeruk yang terserang CVPD. Gunakan insektisida untuk vektor dan perhatikan sanitasi kebun yang baik.
b) Tristeza
Penyebab: virus Citrus tristeza dengan vektor Toxoptera. Bagian yang diserang jeruk manis, nipis, besar dan batang bawah jeruk Japanese citroen. Gejala: lekuk batang , daun kaku pemucatan, vena daun, pertumbuhan terhambat. Pengendalian: perhatikan sanitasi kebun, memusnahkan tanaman yang terserang, kemudian kendalikan vektor dengan insektisida Supracide atau Cascade.
c) Woody gall (Vein Enation)
Penyebab: virus Citrus Vein Enation dengan vektor Toxoptera citridus, Aphis gossypii. Bagian yang diserang: Jeruk nipis, manis, siem, Rough lemon dan Sour Orange. Gejala: Tonjolan tidak teratur yang tersebar pada tulang daun di permukaan daun. Pengendalian: gunaan mata tempel bebas virus dan perhatikan sanitasi lingkungan.
d) Blendok
Penyebab: jamur Diplodia natalensis. Bagian yang diserang adalah batang atau cabang.Gejala: kulit ketiak cabang menghasilkan gom yang menarik perhatian kumbang, warna kayu jadi keabu-abuan, kulit kering dan mengelupas. Pengendalian: pemotongan cabang terinfeksi, bekas potongan diberi karbolineum atau fungisida Cu. dan fungisida Benomyl 2 kali dalam setahun.
e) Embun tepung
Penyebab: jamur Odidium tingitanium. Bagian yang diserang adalah daun dan tangkai muda.Gejala: tepung berwarna putih di daun dan tangkai muda. Pengendalian: gunakan fungisida Pyrazophos (Afugan) dan Bupirimate (Nimrot 25 EC).
f) Kudis
Penyebab: jamur Sphaceloma fawcetti. Bagian yang diserang adalah daun, tangkai atau buah. Gejala: bercak kecil jernih yang berubah menjadi gabus berwarna kuning atau oranye.Pengendalian: pemangkasan teratur. Kemudian gunakan Fungisida Dithiocarbamate /Benomyl (Benlate).
g) Busuk buah
Penyebab: Penicillium spp. Phytophtora citriphora, Botryodiplodia theobromae. Bagian yang diserang adalah buah. Gejala: terdapat tepung-tepung padat berwarna hijau kebiruan pada permukaan kulit. Pengendalian: hindari kerusakan mekanis, celupkan buah ke dalam air panas/fungisida benpmyl, pelilinan buah dan pemangkasan bagian bawah pohon.
h) Busuk akar dan pangkal batang
Penyebab: jamur Phyrophthoranicotianae. Bagian yang diserang adalah akar dan pangkal batang serta daun di bagian ujung dahan berwarna kuning. Gejala: tunas tidak segar, tanaman kering. Pengendalian: pengolahan dan pengairan yang baik, sterilisasi tanah pada waktu penanaman, buat tinggi tempelan minimum 20 cm dari permukaan tanah.
i) Buah gugur prematur
Penyebab: jamur Fusarium sp. Colletotrichum sp. Alternaria sp. Bagian yang diserang: buah dan bunga Gejala: dua-empat minggu sebelum panen buah gugur. Pengendalian: Fungisida Benomyl (Benlate) atau Caprafol.
j) Jamur upas
Penyebab: Upasia salmonicolor. Bagian yang diserang adalah batang. Gejala: retakan melintang pada batang dan keluarnya gom, batang kering dan sulit dikelupas. Pengendalian: kulit yang terinfeksi dikelupas dan disaput fungisida carbolineum. Kemudian potong cabang yang terinfeksi.
k) Kanker
Penyebab: bakteri Xanthomonas campestris Cv. Citri. Bagian yang diserang adalah daun, tangkai, buah. Gejala: bercak kecil berwarna hijau-gelap atau kuning di sepanjang tepi, luka membesar dan tampak seperti gabus pecah dengan diameter 3-5 mm. Pengendalian: Fungisida Cu seperti Bubur Bordeaux, Copper oxychlorida. Selain itu untuk mencegah serangan ulat peliang daun adalah dengan mencelupkan mata tempel ke dalam 1.000 ppm Streptomycin selama 1 jam.